灭菌时高压锅内空气的存在还可影响蒸汽向消毒物品内部的穿透。饱和蒸汽可以穿透到敷料包的中心部位，当空气未完全排除时，可形成包内温度低、包外温度高的情况，致使内部不能达到灭菌。

检查灭菌器空气是否排净的方法是：在排气管的出口处接一皮管，将另一端插入冷水盆中，若管内排出的气体在冷水中产生气泡，则表示尚未排净。仍需继续排气；若不产生气泡，则表示锅内的冷空气已基本排净。如果待灭菌器内有一定量的蒸汽之后再排气，则有利于空气的排净。

在排气过程中，有时排气管道可被异物阻塞，此时可观察排气管道上的温度计指示温度与按磅表压力值推算的温度是够接近。由压力磅数换算温度的简易公式是：

温度（℃）=磅表指示压力磅数+106

例如：磅表指示压力为15磅，则在纯蒸汽的情况下，锅内温度应为15+106=121℃。若温度计指示温度低于121℃，则说明锅内空气未排净，可能有异物阻塞排气管道，应予以排除。